Sihirli Çeşme'nin hikayesi, iyilik ve adalet arayışında olan karakterlerin cesaretini ve dostluğunu vurgulayan iki farklı masal etrafında şekilleniyor. Bu masallarda, zor durumlarla karşılaşan kahramanlar, birbirlerine yardım ederken aynı zamanda kendi içsel yolculuklarını da gerçekleştiriyorlar. İyiliğin gücünü keşfeden bu karakterler, birbirlerine destek olmanın ve sevgi dolu bir kalple mücadele etmenin önemini öğreniyorlar.
Sihirli Çeşme'nin hikayesi iki farklı masalda geçmektedir:
Üç oğlu olan kral, babalarını iyileştirmek için büyülü çeşmeyi bulmaya karar verirler . Küçük prens, cücenin yardımıyla çeşmeyi bulur ve gümüş sürahisini şifalı suyla doldurur . Ancak, dönüş yolunda ağabeyleri, küçük prensin suyunu dere suyuyla değiştirirler . Küçük prens, yalancı ilan edilerek saraydan kovulur .
Bir yıl sonra, gerçek ortaya çıkar ve küçük prens saraya geri döner, kralla evlenir ve adil bir kral olarak tahta geçer .
Yolculukları sırasında, çeşitli canlılara yardım ederler ve sonunda sihirli çeşmeye ulaşırlar . Çeşmeden aldıkları suyla ormanın her köşesine iyilik yayarlar .